De sitter centralt och omges helt av storhjärnan. De består i sin tur av flera olika delar med skilda funktioner. Det limbiska systemet kallas för känslohjärnan eftersom det reglerar hur vi känner oss och vår sociala anpassningsförmåga. Det har också en viktig funktion för minnet och inlärning. I mellanhjärnan finns talamus som ibland kallas hjärnans postkontor. Hit kommer information om temperatur, beröring och smärta för att kopplas om och skickas vidare till hjärnbarken och vårt medvetande. Hypotalamus sitter under talamus och styr över grundläggande och autonoma funktioner som hunger, törst, kroppstemperatur, sexualdrift och tillväxt.
Förlängda märgen — medulla oblongata Visa allt inom nervsystemet Förlängda märgen medulla oblongata bildar tillsammans med pons och mesencephalon mitthjärnan hjärnstammen. Förlängda märgen utgör den nedersta delen av hjärnstammen och är ungefär 3 cm lång. Förlängda märgens vita substans innehåller alla sensoriska och motoriska nervbanor som löper mellan ryggmärgen och andra delar av hjärnan och fungerar som en viktig omkopplingsstation. I den främre delen av förlängda märgen formas en utbuktning: pyramiderna där det kortikospinala bansystemet tractus corticospinalis löper genom och korsar på vägen till ryggmärgen. Detta bansystem kontrollerar viljemässiga rörelser i bålen och extremiteterna.